타미플루는 기본적으로 인플루엔자 바이러스에 감염된 독감 환자의 치료제로 쓰이지만, 조류인플루엔자(AI) 노출 고위험군에게는 예방 목적으로도 쓸 수 있다. 

애초 개발 목적이 내성을 거듭하는 인플루엔자 치료제를 대체하기 위해서 만들었기 때문에 계절성 인플루엔자(독감), 조류 인플루엔자 등의 치료 및 예방을 필요로 할 때 복용한다. 

식약처에 따르면 타미플루 부작용 신고 건수는 2012년 55건에서 2016년 257건으로 증가했다. 

이 기간 구체적인 부작용 증상은 구토가 215건으로 가장 많았고 오심(구역질이 나는 증상) 170건, 설사 105건이었다. 어지러움과 소화불량도 각각 56건과 44건 있었다. 

또 이 약을 먹은 인플루엔자 환자 중 주로 소아·청소년 환자에게서 경련과 섬망 같은 신경정신계 이상 반응이 보고됐고 드물게 이런 이상 반응은 사고로 이어진 경우가 있었다. 

섬망이란? 
심한 과다행동(안절부절 못하거나 잠을 안자고 소리를 지르는 행위 등)과 환각, 초조함과 떨림 등이 자주 나타나는 것을 말한다. 

주된 부작용은 경미한 위장관 증상(메슥거림, 식욕감소)이다.
상당수 많은 경우에서 메스꺼움을 호소하며, 이러한 부작용이 심한 경우에는 정주(수액제제)로 인플루엔자 치료를 할 수도 있다.

일부에서 중추신경계 부작용(비정상적인 행동이나 환각, 자살충동 등등) 등도 보고된 바 있으나 극히 드문 경우이며 이러한 경우에서도 타미플루와의 직접적인 연관성이 명확히 입증되지 않은 것이 대부분이다.

항히스타민제나 항콜린제와 동시 복용하면 중추신경계 부작용이 증가한다.
그 외에 국내에서 보고된 기타 부작용으로는 비정상적인 악몽이 있다.